Năm 1975, trường được chuyển thành nhà tù với tên gọi Nhà tù an ninh S21. Trong thời gian 4 năm cầm quyền của Kmer Đỏ, nơi đây giam giữa khoảng 17.000 người (có nguồn khác cho răng con số này là 20.000), phần lớn là thành viên hoặc lính trước đó của Kmer Đỏ bị kết tội phản bội. Trường đã được cải hoán như xây thêm hàng rào điện, gia cố phòng thành trại giam, phòng hỏi cung và phòng tra tấn.
Hàng nghìn người đã bị tra tấn ở đây, chỉ có một số ít tù nhân còn sống sót khi rời nhà tù vốn là "nỗi ác mộng" đối với người Campuchia. Bảo tàng diệt chủng Toul Sleng trưng bày những hình ảnh nạn nhân và tư liệu về tội ác của Khmer Đỏ khiến người xem rùng mình.
Bảo tàng hiện nay nằm khuất trong khu phố nhỏ Toul Svay Prey ở phía Nam Phnom Penh và khá lạc lõng với cảnh quan xung quanh bởi nó quá cũ kỹ, sập sệ với những hàng rào thép gai bao quanh.
Bằng hình ảnh, hiện vật cùng với các tư liệu,v.v... bảo tàng hiện nay thu hút đông đảo du khách đến từ khắp nơi trên thế giới.Tuy nhiên, xét về góc độ, du khách vẫn còn e dè với bảo tàng do quá ghê rợn và chính những điều mà du khách nhìn thấy, khiến họ ghê sợ.
Có thể tham quan Bảo tàng diệt chủng Toul Sleng và sau đó ra ngoại ô thăm Cánh đồng chết (Killing Field).
