Phần đảo này thuộc chủ quyền của Indonesia được gọi là Kalimantan trong khi phần thuộc chủ quyền thuộc Malaysia được gọi là Đông Malaysia. Gần như toàn bộ lãnh thổ Brunei là một phần nhỏ của đảo Borneo.

Điểm cao nhất của Borneo là núi Kinabalu ở Sabah (Malaysia), với độ cao tuyệt đối là 4.095 m, làm cho hòn đảo trở thành hòn đảo cao thứ 3 trên thế giới.

Các hệ thống sông lớn nhất trên đảo là sông Kapuas, với chiều dài xấp xỉ 1.143 km (710 dặm Anh) là con sông dài nhất tại Indonesia, sông Rajang tại Sarawak dài khoảng 562,5 km (349,5 dặm Anh) là con sông dài nhất Malaysia, sông Barito khoảng 880 km (550 dặm Anh) và sông Mahakam dài khoảng 980 km (610 dặm Anh)

Borneo cũng được biết đến vì các hệ thống hang động rộng lớn của nó. Hang Clearwater có một trong những sông ngầm dài nhất thế giới. Hang Deer là nơi sinh sống của trên 3 triệu con dơi và phân dơi tích tụ lại cao trên 100 m (330 ft).

Borneo là đảo duy nhất thế giới có 3 quốc gia riêng biệt.