Năm 1978, John Mackey và Renee Lawson vay 45.000 đô la từ gia đình và bạn bè để mở một cửa hàng thực phẩm tự nhiên chay nhỏ tên là SaferWay ở Austin, cửa hàng này không bán thịt hay bất cứ thứ gì có đường. Hai năm sau, Mackey và Hardy tiếp xúc với một cửa hàng tạp hoá khác cũng có những mặt hàng tương tự là Clarksville Natural Grocery, khi đó thuộc sở hữu của Craig Weller và Mark Skiles. 2 bên quyết định hợp lực, và mở cửa hàng Whole Foods Market đầu tiên vào năm 1980. Để thu hút thêm khách hàng, họ bắt đầu bán thịt, bia và rượu vang.
Khi Mackey tìm địa điểm cho cửa hàng Whole Foods Market đầu tiên, chủ nhà cho biết nó nằm trong một khu vực nhạy cảm: cứ mỗi 100 năm lại bị lụt 1 lần. Với nhiệt huyết tuổi trẻ, Mackey sẵn sàng chấp nhận rủi ro, và hóa ra đó là một sai lầm. Vào mùa xuân năm 1981, lũ lụt lớn xảy ra. Cả cửa hàng đã chìm trong nước, chất thải trào ra khỏi cống, hàng tồn kho bị hủy hoại, và nhiều kẻ hôi của tìm đến. Mackey nhớ rằng ông phải lội qua vùng nước đen để cố lấy lại khoản tiền mặt trong két sắt. Điều đáng sợ nhất là Whole Foods không có bảo hiểm lũ lụt.
Thế nhưng, cộng đồng Austin đã chung tay để cứu sống Whole Foods. Các khách hàng đến để giúp dọn dẹp cửa hàng, nhà đầu tư bỏ thêm tiền, ngân hàng mở rộng hạn mức tín dụng và các nhân viên đã làm việc không lương để hồi sinh cửa hàng.
Whole Foods tăng trưởng mạnh nhờ trào lưu ăn uống lành mạnh trở nên phổ biến. Vào năm 2016, hãng đã có hơn 460 cửa hàng ở Hoa Kỳ, đạt mức doanh thu 16 tỷ USD và có 87.000 nhân viên. Whole Foods là kết quả của một hoài bão nhằm thay đổi cách thức ăn uống của con người, làm cho họ khỏe mạnh hơn, đồng thời quảng bá các loại thực phẩm bền vững về mặt môi trường và được sản xuất một cách có đạo đức.
