Không rõ đàn đáy xuất hiện lần đầu vào thời điểm nào nhưng nó có mặt ít ra đã 500 năm hơn. Theo phó giáo sư tiến sĩ Thụy Loan, thì các mảng điêu khắc ở đình Lỗ Hạnh, đình Hoàng Xá và đền Tam Lang (niên đại thế kỷ 16-18) cho ta biết đàn đáy đã phổ biến trong dân gian vào thời nhà Mạc. Thời điểm xuất hiện của đàn đáy theo đó được các nhà nghiên cứu nghi nhận sớm nhất là thế kỷ 15. Niên đại xuất hiện này hoàn toàn phù hợp với những ghi chép trong thư tịch cổ và những tư liệu mỹ thuật đã được phát hiện.

Đàn đáy có tên gốc là "đàn không đáy" tức "vô đề cầm", vì nó không có đáy (hậu đàn). Do đó người ta gọi tắt là đàn đáy lâu ngày thành tên chính thức như hiện nay. Một giả thuyết khác cho rằng nhạc cụ này có dây đeo bằng vải, dây này trong chữ Hán là "đái" (đai) nên mới gọi là "đàn đái", đọc chệch lâu ngày thành "đàn đáy".

Người biểu diễn thường dùng đàn đáy đệm cho giọng nữ cao hoặc phối hợp với những nhạc cụ gõ có âm thanh khô (ít vang). Đàn đáy là nhạc cụ độc đáo chỉ duy nhất dùng để biểu diễn ca trù cùng với phách và trống chầu. Ngày nay nó còn được dùng trong một số dàn nhạc dân tộc để hòa tấu.