Chương trình Tiến sĩ về Nghiên cứu Bản địa (PhD-IS) của UP Baguio sẽ tập trung vào việc tạo điều kiện cho sinh viên giảng dạy, thực hành và xuất bản nghiên cứu hoặc thực hiện các chương trình về các vấn đề bản địa, từ đó giúp sinh viên của mình có kiến thức về vận động chính sách và tạo ra các dự án phát triển chủ yếu sẽ mang lại lợi ích cho cộng đồng người dân bản địa.

Chương trình này yêu cầu sinh viên cần học đủ 49 tín chỉ và có bài luận án, vượt qua kỳ kiểm tra toàn diện, bằng chứng về việc một bài luận án được xuất bản trên một tạp chí nghiên cứu và nộp kế hoạch sử dụng nghiên cứu cho cộng đồng bản địa.

Các giảng viên của chương trình này là những người có bằng tiến sĩ từ khoa của Cao đẳng Khoa học Xã hội thuộc UP Baguio, bao gồm các nhà nhân chủng học, xã hội học, sử học, nhà khoa học chính trị và nhà kinh tế nổi tiếng.
Sinh viên khi lựa chọn hoc chương trình này có thể học toàn thời gian trong vòng 3 năm hoặc học bán thời gian trong vòng 4 năm.
Theo Tổ chức Kỷ lục Đông Nam Á (Aseanrecords.world) – Vietkings