Eli Whitney sinh ngày 8 tháng 12 năm 1765, ở Westborough, Massachusetts. Cha của Whitney là một nông dân, một thợ cơ khí và nhà phát minh tài năng. Trong số những đồ vật mà ông thiết kế và xây dựng khi còn trẻ gồm có chiếc đinh rèn và cây violin. Năm 1792, sau khi tốt nghiệp Đại học Yale , Whitney đi về phía Nam. Ban đầu ông dự định làm việc như một gia sư riêng nhưng thay vào đó chấp nhận lời mời ở lại với Catherine Greene (1755-1814) - một góa phụ, về đồn điền Mulberry Grove của cô gần Savannah , Georgia. Ở đó, Whitney đã học về sản xuất bông - đặc biệt là hiểu được nỗi vất vả của những người trồng bông.

Vào giữa thế kỷ 19, bông đã trở thành hàng xuất khẩu hàng đầu của Mỹ. Bông là một loại cây trồng lý tưởng vì nó dễ trồng, và không giống như cây lương thực, các sợi của nó bảo quản được trong một thời gian dài. Nhưng cây bông có chứa hạt giống khó tách rời khỏi các sợi mềm. Có một loại bông dài ngày rất dễ làm sạch, nhưng chỉ phát triển tốt dọc theo các vùng ven biển. Phần lớn các nông dân trồng bông bị buộc phải trồng bông ngắn ngày hơn, tốn nhiều lao động, phải được làm sạch cẩn thận bằng tay. Máy nhặt hạt bông trung bình có thể loại bỏ những hạt giống từ chỉ khoảng một pound(nửa ký) bông vải ngắn ngày mỗi ngày.

Greene và người quản lý đồn điền của cô, Phineas Miller (1764-1803), giải thích vấn đề của bông ngắn ngày với Whitney, và ngay sau đó ông đã chế tạo ra một chiếc máy có thể loại bỏ các hạt giống từ cây bông. Sáng chế, được gọi là máy tách hạt bông làm việc như một bộ lọc hoặc rây: Bông được chạy qua một cái trống bằng gỗ được nhúng với một loạt móc bắt sợi và kéo chúng qua lưới . Lưới để cho các hạt lọt qua trong khi các móc kéo sợi bông ngược lại. Những cái gọng nhỏ hơn có thể được quay bằng tay; những cái lớn hơn phải dùng ngựa để hoạt động, sau này, máy tách hạt bông hoạt động nhờ vào động cơ hơi nước. Máy tách hạt bông quay tay của Whitney có thể loại bỏ hạt từ 50 kg bông trong một ngày.