Vào ngày 17/6/1864, tuyến đường sắt Semarang-Vorstenlanden (Solo-Yogyakarta) với khổ đường sắt 1.435 mm được Toàn quyền Đông Ấn Hà Lan – L.A.J Baron Sloet van de Beele cho xây dựng ở Làng Kemijen. Tuyến đường sắt được công ty tư nhân Naamlooze Venootschap Nederlansch Indische Spoorweg Maatschappij (NV. NISM) thực hiện, và đây chính là tiền thân của Perseso ngày nay.

Trải qua nhiều đợt đổi tên, phân tách và hợp nhất, tới năm 1998, công ty chính thức mang tên PT Kereta Api Indonesia (Persero). Hiện tại, PT Kereta Api Indonesia (Persero) có bảy công ty con/ nhóm kinh doanh là KAI Services (2003), KAI Airport (2006), KAI Commuter (2008), KAI Tourism (2009), KAI Logistics (2009), KAI Property (2009), PT Pilar Sinergi BUMN Indonesia (2015).

PT Kereta Api Indonesia đang khai thác hai khổ đường ray là khổ Cape 1.067 mm và khổ tiêu chuẩn 1.435 mm. Các tuyến đường sắt mà Kereta Api Indonesia hiện đang vận hành có khoảng 90% được giữ và duy trì từ thời Indonesia là thuộc địa của Hà Lan, chỉ có vài nhánh mới được xây dựng như những nhánh đi tới sân bay hay các địa điểm mới. Tính tới năm 2019, tổng chiều dài đường sắt đang được khai thác tại Indonesia là 5.042 km.

PT KAI hiện đang có 420 đầu máy xe lửa, 578 đầu máy điện, 121 đầu máy diesel, 1,607 toa tàu khách và 6,782 toa hàng hóa, trong đó đa số các đầu máy diesel đang là các đầu máy chính, còn đầu máy điện là những đầu máy mới.

Nhân dịp kỷ niệm 75 năm thành lập vào ngày 28 tháng 9 năm 2020, PT KAI đã cho ra mắt logo mới có dạng ba chữ cái "K", "A" và "I" được in nghiêng (thể hiện tính cách tiến bộ, cởi mở và đáng tin cậy của công ty ). Điểm nhấn hình dạng đường ray trên chữ "A" tượng trưng cho "hy vọng phát triển công ty thành hệ sinh thái giao thông tổng hợp và tốt nhất" và việc sử dụng hai màu với màu xanh lam (trong chữ "K" và "I") tượng trưng cho "sự ổn định, chuyên nghiệp, niềm tin và sự tự tin từ công ty" và màu cam (trong chữ cái "A") tượng trưng cho "sự nhiệt tình, sáng tạo và quyết tâm của công ty".

Theo Tổ chức Kỷ lục Đông Nam Á (Aseanrecords.world) – Vietkings