Chủ tịch viện hiện nay là viện sĩ Nikola Sabotinov. Ngân sách năm 2009 của Viện là 84 triệu lev, tương đương 42,7 triệu euro, không kể Cơ quan Không gian Bulgaria trực thuộc Viện, có ngân sách riêng là 1 triệu euro.

Năm 1878, ngay sau khi Bulgaria được giải phóng khỏi đế quốc Ottoman, thì Đại hội đồng của Hội đã biểu quyết di chuyển trụ sở Hội từ phiếu Brăila về Sofia, và ngày 1.3.1893 Hội Văn học Bulgaria dọn vào tòa nhà riêng của mình, do kiến trúc sư Hermann Mayer thiết kế, được xây dựng hoàn tất năm 1892, ngay bên cạnh trụ sở Nghị viện Bulgaria. Trong thập niên 1920 tòa nhà trụ sở này được nới rộng thêm.

Năm 1911 Hội Văn học Bulgaria đổi tên thành Viện hàn lâm Khoa học Bulgaria, và Ivan Geshov được bầu làm chủ tịch Viện đầu tiên. Năm 1913, Viện hàn lâm Khoa học Bulgaria trở thành thành viên của Union of Slavonic Academies and Scientific Communities (Liên hiệp các viện hàn lâm ngôn ngữ Slave và Cộng đồng Khoa học), và đến năm 1931 được gia nhập Hội đồng Khoa học quốc tế.

Academia Peak (ngọn núi Viện hàn lâm) và Camp Academia (trại hàn lâm) trên đảo Livingston thuộc Quần đảo Nam Shetland, Nam Cực được đặt theo tên Viện hàn lâm Khoa học Bulgaria để đánh giá cao đóng góp của Viện này vào việc thám hiểm Nam Cực.