Bảo tàng Hải dương học Nha Trang được thành lập từ năm 1922. Mục tiêu chính ban đầu là lưu giữ và bảo quản các mẫu sinh vật biển do các nhà khoa học thuộc Sở nghề cá Đông Dương thu thập ở biển Đông. Là một đơn vị trực thuộc Viện Hải Dương học, qua hơn 90 năm hình thành và phát triển, cho đến nay, Bảo tàng cùng với Viện Hải Dương học đã trở thành một trong những trung tâm nghiên cứu khoa học và phổ biến kiến thức hải dương học hàng đầu trên toàn quốc.


Hệ thống trưng bày của Bảo tàng là một quần thể gồm các hồ nuôi sinh vật biển phục vụ nghiên cứu, tham quan cũng như giáo dục cộng đồng, một hệ thống nhà lưu trữ và trưng bày các bộ mẫu sinh vật biển đa dạng và lớn nhất Việt Nam.

Nếu như Hệ thống hồ nuôi và thuần dưỡng các loài sinh vật sống là sự kết hợp hài hoà giữa thành t��u khoa học, kỹ thuật và công nghệ, nuôi thu hút du khách tham quan bởi vẻ đẹp và sự sinh động của các sinh vật biển, thì Khu trưng bày đa dạng sinh học được xem là bộ phận có ý nghĩa nhất, làm nên nét đặc trưng cho Bảo tàng Hải dương học trong hệ thống các bảo tàng ở Việt Nam. Bộ sưu tập hiện đang lưu giữ và bảo tồn với khoảng 20.000 mẫu thuộc 5.000 loài sinh vật ở biển Đông và các vùng nước lân cận. Mỗi mẫu vật ở đây in đậm dấu ấn và tâm huyết của những nhà khoa học trong và ngoài nước từng gắn bó hoặc công tác tại Viện từ những ngày đầu mới thành lập.


Ngoài những mẫu có giá trị khoa học, Bảo tàng còn lưu giữ nhiều mẫu sinh vật biển lớn và quý hiếm, đáng chú ý là Bò biển - nhân vật chính trong truyền thuyết nàng tiên cá, bộ xương cá Voi lưng gù khổng lồ bị chôn vùi dưới lớp phù sa đồng bằng sông Hồng ít nhất là hơn 200 năm nay. Đây thực sự là những di vật lịch sử tự nhiên vô cùng quý giá.


Hệ thống các phòng chuyên đề ngoài mục đích phổ biến kiến thức còn nhằm giới thiệu những thành tựu khoa học biển hoặc giải đáp những vấn đề khoa học mang tính thời sự mà công chúng quan tâm

Sự đa dạng về nội dung trưng bày tại Bảo tàng đã đáp ứng nhu cầu tham quan, tìm hiểu về thế giới biển của tất cả các đối tượng du khách trong và ngoài nước. Bất cứ ai cũng có thể tìm thấy những điều lý thú khi đến đây tham quan. Bảo tàng Hải dương học thực sự là điểm đến đầy tri thức và đam mê cho tất cả những ai yêu thiên nhiên và yêu biển!

Năm 2012, Bảo tàng Hải dương học Nha Trang đã được Tổ chức Kỷ lục Việt Nam xác lập kỷ lục "Nơi lưu giữ bộ mẫu sinh vật biển lớn nhất Việt Nam”.